Sekalipun dasar hukum pembentukan Pengadilan Agama Balige telah ada yakni peraturan pemerintah nomor 45 tahun 1957 dan Penetapan Menteri Agama Nomor 58 Tahun 1957 namun dengan berbagai situasi dan kondisi yang pada tahun itu tidak mungkin dapat langsung direalisasikan disebabkan belum matangnya persiapan sarana pisik maupun personalianya. Baru pada tanggal 1 Januari 1959 Pengadilan Agama Balige resmi berdiri untuk wilayah Kabupaten Tapanuli Utara. Pimpinan pertama pada waktu berdirinya adalah AD. Syaifuddin yang terhitung mulai tanggal 1 Januari 1958 dan telah ditetapkan dengan surat keputusan Menteri Agama RI Nomor B/VV/b-4/1991 tanggal 8 Januari 1958, dengan pangkat Penghulu Muda Golongan D2/III.
Secara aktif kegiatan perkantoran mulai dapat dilakukan pada tanggal 1 Pebruari 1959 dengan mengambil tempat di sebuah rumah kepunyaan saudara Laurensius Sihaan terletak di Jalan Gereja Lama (sekarang jalan Muara Monang) Desa Lumban Palia Kelurahan Balige III Kecamatan Balige Tapanuli Utara (sekarang Kabupaten Toba Samosir) dengan jalan menyewa.
Kemudian dengan berbagai kesulitan dalam menghadapi masa pemberontakan PRRI, dimana situasi keamanan pada saat itu semakin gawat, maka pada tahun 1962 Kantor Pengadilan Agama Balige dipindahkan ke sebuah rumah di Jalan Mulia Raja Kampung Napitupulu Bagasan milik Saudara O.L. Napitupulu, SH. Dan pada pertengahan tahun 1973 pindah lagi ke rumah Saudara Marhuarar Siahaan yang terletak di Jalan Mulia Raja dan hal tersebut berlangsung hingga tanggal 27 Juni 1980.
Dengan selesainya pembangunan gedung Balai Sidang Pengadilan Agama Balige dan diresmikan pemakaiannya oleh Bapak Direktur Pembinaan Badan Pengadilan Agama Islam (Haji Ichtijanto, SA, SH.) pada hari Jum’at tanggal 27 Juni 1980 bertepatan dengan 12 Sya’ban 1400 H. Maka mulai pada hari Sabtu tanggal 28 Juni 1980 resmi mempunyai kantor sendiri di Jalan Sibuntuan Onan Raja (sekarang Jalan Adhyaksa No. 4) Balige, Kelurahan Balige III Kecamatan Balige Kabupaten Tapanuli Utara (sekarang Kabupaten Toba Samosir).
Kantor Pengadilan Agama Balige yang secara astronomis terletak di antara 2° 06′ – 2°45 LU dan 98° 10′ -99° 35′ BT dengan luas 23.124,40 km2 dimekarkan dari Kabupaten Tapanuli Utara dengan Undang-undang No 12 Tahun 1998 Tanggal 9 Maret 1999, terdiri dari 14 Kecamatan dan 192 Desa/ Kelurahan.
Kabupaten Samosir adalah hasil pemekaran dari induknya Kabupaten Toba Samosir yang dibentuk berdasarkan Undang-undang Nomor 36 Tahun 2003 tanggal 7 Januari 2004. Kabupaten Samosir yang ibu Kotanya Pangururan secara Geografis terletak pada 20° 24′ – 20° 25′ Lintang Utara dan 98 ° 21′ – 99° 55′ BT.
Secara Administrasi Wilayah Kabupaten Samosir berada :
- disebelah Utara berbatasan dengan Kabupaten Karo dan Simalungun
- disebalah Timur berbatasan dengan Kabupaten Tapanuli Utara dan Kabupaten Humbang Hasundutan
- disebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Dairi dan Kabupaten Pakpak Barat
Perairan Danau Toba terdiri dari 9 Kecamatan, (6 Kecamatan berada di Pulau Samosir ditengah Danau Toba dan 3 Kecamatan di daerah lingkaran luar Danau Toba tepat pada punggung pegunungan Bukit Barisan). kedua Kabupaten ini berpenduduk seluruhnya 306.476 jiwa terdiri dari 9.807 penduduk Islam dan 296.66 jiwa penduduk non Muslim.
Pada tahun 2012 Pengadilan Agama Balige berpindah tempat di Jalan Balige-Laguboti Km 5 Tambunan Desa Lumban Pea Timur.